"Στη Βενετία, βρίσκονται τρεις χώροι, μαγικοί και αθέατοι, ένας, στην πάροδο της αγάπης των φίλων, ένας δεύτερος, στη γέφυρα των θαυμάτων και ο τρίτος, στην πάροδο των Μαράνων, κοντά στο παλιό εβραϊκό γκέτο του Σαν Τζεραμάια. Όταν οι Βενετοί, νιώσουν απαυδισμένοι από τις εκάστοτε εξουσίες, πηγαίνουν σε αυτούς τους τρεις μαγικούς χώρους και ανοίγουν τις πόρτες που βρίσκονται στο βάθος εκείνων των προαυλίων. Για να χαθούν για πάντα σε μέρη ονειρικά και άλλα τέτοια όμορφα".

Κάπως έτσι ξεκινά "Η Κρυφή Αυλή του Μυστηρίου" του Κόρτο Μαλτέζε, του ρομαντικού, περιπλανώμενου ναυτικού που η αρχή της ιστορίας τον βρίσκει στη Βενετία, το έτος 1918, όταν η Ευρώπη είναι έτοιμη να ελευθερωθεί από τη φρίκη του Ά Παγκοσμίου Πολέμου. Στη συνέχεια, μεταφερόμαστε στο Χονγκ Κονγκ, όπου ο Κόρτο Μαλτέζε προσεγγίζεται από τη μυστική οργάνωση "Κόκκινα Φανάρια" και του ανατίθεται μια αποστολή! Έτσι, θα ταξιδέψει στη Μαντσουρία και από εκεί στη Σιβηρία, με σκοπό να βρει ένα τρένο γεμάτο χρυσάφι, που βρίσκεται στα χέρια του Τσάρου Κολτσάκ... Παρέα σε αυτή την περιπέτεια, θα του κάνει ο άσπονδος φίλος του, Ρασπούτιν, η πράκτορας των "Κόκκινων Φαναριών" Σαγκάη - Λιλ, ενώ θα βρεθεί αντιμέτωπος με παράξενες προσωπικότητες όπως ο Βαρόνος Ούνγκερν - Στέρνμπεργκ, ο στρατηγός Σεμένοφ, η δούκισσα Μαρίνα Σεμίνοβα!