Όλες οι εκθέσεις πλαισιώνονται με εκπαιδευτικά προγράμματα ειδικά σχεδιασμένα για μαθητές του Δημοτικού από 6 έως 12 ετών, και έχει ως στόχο να φέρει σε επαφή τα παιδιά με τα θέματα, τα υλικά και τα νέα μέσα της κάθε έκθεσης, να κεντρίσει τη φαντασία και το ενδιαφέρον τους επιτρέποντάς τους να εκφραστούν δημιουργικά στο χώρο του μουσείου. Περιλαμβάνει περιήγηση στην έκθεση και εικαστικό εργαστήρι. Η περιήγηση ενθαρρύνει την ενεργό συμμετοχή των παιδιών, την παρατήρηση και τη συζήτηση γύρω από τα εκθέματα. Στο εργαστήριο, τα οπτικά και αισθητικά ερεθίσματα που προσλαμβάνουν τα παιδιά κατά την ξενάγηση διοχετεύονται σε δικές τους εικόνες και κατασκευές μέσα από το παιχνίδι με διαφορετικά υλικά.
Με την ολοκλήρωση του προγράμματος κάθε μαθητής παίρνει ένα ειδικά σχεδιασμένο έντυπο, το οποίο μπορεί να επεξεργασθεί μόνος του ή με την υπόλοιπη ομάδα στο μάθημα των εικαστικών. Το έντυπο περιλαμβάνει μικρά επεξηγηματικά κείμενα, φωτογραφίες έργων, ερωτήσεις προς συζήτηση και χώρο για ζωγραφική ή διατύπωση απόψεων.