Για κάθε νίντζα φτάνει κάποια στιγμή στην εκπαίδευση του, οπότε και πρέπει να παραμερίσει τις αναστολές του και να αντιμετωπίσει την πραγματικότητα: ότι οι νίντζα είναι φονικά εργαλεία. Για το Ναρούτο, που βλέπει νεκρό το Σάσουκε, η στιγμή αυτή έφτασε. Η οργή του ξυπνάει το πνεύμα της αλεπούς με τις εννιά ουρές που βρίσκεται μέσα του, δίνοντάς του τη δύναμη που χρειάζεται για να νικήσει το Χάκου - έχει, όμως, τη θέληση να τον αποτελειώσει;
Καθώς η μάχη για τη Γη των Κυμάτων τελειώνει με τραγικό τρόπο, οι ήρωές μας επιστρέφουν στο χωριό Κονοχαγκακούρε πάνω στην ώρα για να λάβουν μέρος στις εξετάσεις για το βαθμό του τσούνιν. Δεν είναι, όμως, οι μόνοι που ήρθαν για να λάβουν μέρος στις εξετάσεις. Υποψήφιοι νίντζα απ' όλες τις χώρες έχουν έρθει στο χωριό, με τις δικές τους παράξενες τεχνικές και με τους δικούς τους, μυστηριώδεις στόχους...