Ο Ρομπέρτο, καθηγητής Ανθρωπολογίας στο Πανεπιστήμιο της Νάπολη, επισκέπτεται μια μέρα την εξοχική κατοικία ενός φίλου του συγγραφέα στο Σορέντο. Του αποκαλύπτει ότι πάσχει από μια ανίατη ασθένεια και εκδηλώνει την επιθυμία να του να γράψει ένα βιβλίο για τη ζωή του. Ο συγγραφέας γοητευμένος από όσα του εξιστόρησε εκείνος, παραμέρισε τις αρχικές του αμφιβολίες, όταν κατάλαβε πως ο Ρομπέρτο θα μπορούσε να γίνει επάξια πρωταγωνιστής ενός περιπετειώδους, ερωτικού και φιλοσοφικού μυθιστορήματος.

Το "Συγγνώμη που αργά σ' αγάπησα" αφηγείται τα "αμαρτωλά χρόνια" της εφηβείας του Ρομπέρτο, την ανέμελη ζωή του παρέα με τον παιδικό του φίλο, Πάολο, αλλά και τις συναισθηματικές διαταραχές του εξαιτίας μιας πολύχρονης κατάθλιψης που τον βασάνιζε. Μετά από πολλές απογοητεύσεις οραματίζεται μια καινούργια ζωή και αρχίζει ένα εσωτερικό ταξίδι για την αναζήτηση της ευτυχίας.

Ο Ρομπέρτο ονειρεύεται να συναντήσει μια μέρα τη γυναίκα της ζωής του, την "αδελφή ψυχή". Μετά από πολλές ερωτικές περιπέτειες, θα παντρευτεί την Αντονιέτα, πρώην ερωμένη του κολλητού φίλου του, Πάολο, η οποία θα παίξει σημαντικό ρόλο στη ζωή του. Μαζί της θα γνωρίσει τελικά την αληθινή αγάπη και τη χαρά της ζωής.