Ο Αλέξανδρος Αφουξενίδης γεννήθηκε στην Αθήνα αλλά μεγάλωσε και έζησε στην Βρετανία. Σπούδασε Κοινωνιολογία στο Πανεπιστήμιο του Newcastle upon Tyne την περίοδο 1983-86. Το 1989 έλαβε το διδακτορικό του από το Πανεπιστήμιο του Durham με αντικείμενο την βιομηχανική κοινωνιολογία. Εργάσθηκε στο Λονδίνο σε ΜΚΟ για την μέριμνα των μεταναστών και ως ερευνητής στον ιδιωτικό τομέα. Στην Ελλάδα επέστρεψε το 1992 και μέχρι το 1996 δίδαξε Κοινωνιολογία και Ευρωπαϊκή Ιστορία στο British-Hellenic Educational Association στην Αθήνα. Από το 1996 έως και το 1999 δίδαξε Πολιτική Κοινωνιολογία, Ποιοτικές Μεθόδους Έρευνας, Θέματα Ευρωπαϊκής Ολοκλήρωσης και Γεωγραφία της Υγείας στο τμήμα Γεωγραφίας του Πανεπιστημίου Αιγαίου. Αυτή την περίοδο διδάσκει Ανθρωπογεωγραφία και Υλικό Πολιτισμό της Ευρώπης στο Ελληνικό Ανοικτό Πανεπιστήμιο. Έχει συντονίσει Ευρωπαϊκά Ερευνητικά Προγράμματα και έχει εκδόσει βιβλία καθώς και άρθρα σε ξένα και Ελληνικά περιοδικά και βιβλία.