Ο Θανάσης Βακαλιός γεννήθηκε στο χωριό Εμμανουήλ Παπάς του νομού Σερρών. Στα εφηβικά του χρόνια συμμετείχε ενεργά στο εαμικό κίνημα. Σε ηλικία 15 χρονών έγινε γραμματέας της ΕΠΟΝ του χωριού του με 3.000 κατοίκους. Με την έναρξη του εμφυλίου διώχτηκε. Αγωνίστηκε από τις γραμμές του Δημοκρατικού Στρατού Ελλάδας. Μετά την ήττα του ΔΣΕ βρέθηκε στη Βουλγαρία, στο Στρατόπεδο Μπερκόβιτσα. Εκεί έμεινε για λίγους μήνες. Αρχές του 1951 επιλέγεται από το κόμμα, καθώς και πολλοί άλλοι πρώην αντάρτες του ΔΣΕ, για τη μυστική στρατιωτική Σχολή 500 στην Πολωνία, που προορίζονταν να υπηρετήσουν τη γραμμή του κόμματος "Τα όπλα παρά πόδα". Το 1952 στέλνεται μαζί με άλλους στην Ουγγαρία, στην πόλη Οζντ, που λειτούργησε για ένα διάστημα, ως διαμεσολαβητικός σταθμός για παράνομη δουλειά στην Ελλάδα. Το 1952 με απόφαση του κόμματος αναλαμβάνει γραμματέας των νέων πολιτικών προσφύγων στην Ουγγαρία. Με πρωτόγνωρους, γρήγορους ρυθμούς μαθαίνει την ουγγρική γλώσσα. Εργάζεται ως στέλεχος της Κ.Ε. της ουγγρικής κομμουνιστικής νεολαίας (της DISZ) εκπροσωπώντας τους Ελληνες νέους. Γνωρίζει τη φοιτήτρια Χαρίκλεια Σιάκη. Μαζί κάνουν οικογένεια. Αποκτούν δύο αγόρια, τον Κώστα και το Γιώργο. Με παρότρυνση της Χαρίκλειας δίνει εξετάσεις στο Πανεπιστήμιο. Σπούδασε φιλοσοφία και κοινωνιολογία στο Πανεπιστήμιο Eotvos Lorand της Βουδαπέστης. Παράλληλα σπούδασε για δύο χρόνια αρχαία ελληνική λογοτεχνία και βυζαντινολογία στο "Ελληνικό Ινστιτούτο" του ίδιου πανεπιστημίου. Φέρει τον τίτλο του υποψηφίου διδάκτορα των ανθρωπιστικών επιστημών της Ουγγαρικής Ακαδημίας Επιστημών (1971) και του διδάκτορα φιλοσοφίας του πανεπιστημίου Eotvos Lorand (1973). Ως αναπληρωτής καθηγητής φιλοσοφίας δίδαξε θέματα φιλοσοφίας και κοινωνιολογίας στο Πολυτεχνείο Βουδαπέστης και σε άλλες πανεπιστημιακές σχολές της Ουγγαρίας. Το 1991 εκλέχτηκε αναπληρωτής καθηγητής κοινωνιολογίας του Δημοκριτείου Πανεπιστημίου Θράκης (Δ.Π.Θ.) και τρία χρόνια μετά τακτικός καθηγητής κοινωνιολογίας της εκπαίδευσης. Ανάπτυξε ευρεία ερευνητική δραστηριότητα ως κύριος ερευνητής και συντονιστής ερευνητικών προγραμμάτων. Είναι ομότιμος καθηγητής του Δημοκρίτειου Πανεπιστημίου Θράκης.