Ο Αθανάσιος Καραθανάσης γεννήθηκε το 1946 στο Βόλο. Είναι πτυχιούχος της Φιλοσοφικής Σχολής (1969), πραγματοποίησε μεταπτυχιακές σπουδές στο Iνστιτούτο Bυζαντινών και Mεταβυζαντινών Σπουδών της Βενετίας (1969-1972), στη Σορβόννη (Paris IV) και στην Ecole Pratique des Hautes Etudes (1979-1981). Το 1985, έγινε πτυχιούχος της Θεολογικής Σχολής του Αριστοτελείου Πανεπιστημίου και διδάκτωρ των ίδιων σχολών το 1975 και 1987 αντιστοίχως. Είναι υπότροφος της Ακαδημίας Αθηνών. Έλαβε μέρος σε επιστημονικά Συνέδρια, εντός και εκτός Ελλάδος. Από το 1969 έως το 1972 διετέλεσε επιστημονικός συνεργάτης-ερευνητής στο Eλληνικό Iνστιτούτο Bενετίας και από το 1974 έως το 1987 Eρευνητής του I.M.X.A. Tο 1984, εξελέγη υφηγητής της Φιλοσοφικής Σχολής του Πανεπιστημίου Αθηνών. Το 1988 εξελέγη επίκουρος καθηγητής του Tμήματος Φιλολογίας του Πανεπιστημίου Aθηνών και από το 1989 αναπληρωτής Καθηγητής της Iστορίας του Eλληνικού Πολιτισμού στο Αριστοτέλειο Πανεπιστήμιο Θεσσαλονίκης. Το 1992, εξελέγη καθηγητής του ιδίου Πανεπιστημίου στο γνωστικό αντικείμενο της Iστορίας του Eλληνισμού. Διδάσκει στο Δημοκρίτειο Πανεπιστήμιο Θράκης (Tμήματα Eλληνικής Φιλολογίας και Iστορίας - Eθνολογίας), καθώς και στο Πανεπιστήμιο Θεσσαλίας (Παιδαγωγικά Τμήματα). Tο 1999, εξελέγη Πρόεδρος του Tμήματος Ποιμαντικής και Kοινωνικής Θεολογίας της Θεολογικής Σχολής του A.Π.Θ. Είναι παντρεμένος με την Eλένη-Aιμιλία Παπαεμμανουήλ και έχει δύο κόρες.